Lahir di lereng Gunung Sindoro pada tanggal 7 Maret 1750 dari permaisuri kedua Sri Sultan Hamengku Buwono I, ia diberi nama kecil RM. Sundoro. Masa kecilnya dilalui bersama ibunda, Kanjeng Ratu Kadipaten, di wilayah pengungsian akibat perang melawan VOC. Situasi tersebut kelak membentuk karakter yang keras pada diri Sri Sultan Hamengku Buwono II.

Ketika tiba masa perjanjian Giyanti, dan berlanjut ke perpindahan keluarga besar Pangeran Mangkubumi ke Keraton Yogyakarta, RM Sundoro mulai tinggal di dalam keraton dengan status putera raja. Semenjak itu pula kecintaan dan kepercayaan Sri Sultan Hamengku Buwono I kepada RM Sundoro mulai tampak. Sehingga pada tahun 1758 ketika RM Sundoro dikhitan, beliau diangkat menjadi putra mahkota. Meskipun GKR Kencono, permaisuri pertama, juga memiliki dua orang putera, tetapi status putera mahkota tetap disematkan kepada RM Sundoro.